Usando lspci para retornar o valor do dispositivo:
01:00.0 Non-VGA unclassified device: Altera Corporation Device 0de4 (rev 01)
Encontra-o em /sys/devices/
/sys/devices/pci0000:00/0000:00:01.0/0000:01:00.0
Habilita-o com:

echo -n 1 > /sys/devices/pci0000:00/0000:00:01.0/0000:01:00.0/enable 

Depois, só rodar o script(salvar como placapci.py):

import mmap, sys
with open('/sys/devices/pci0000:00/0000:00:01.0/0000:01:00.0/resource0', 'r+b') as f:
    mm = mmap.mmap(f.fileno(), 32)
    mm[:1] = chr(int(sys.argv[1], 16))

no caso, ativar os leds de uma altera lindona:
python placapci.py 0xAA
01
python placapci.py 0x55
02

É isso aí.